Svarbų vaidmenį higieninių kovos priemonių komplekse vaidina švara. Nuolat stebint, renkant ir šalinant iš gėlyno sergančius augalus arba atskiras jų dalis (Iapus, žiedus, stiebus) galima užkirsti kelią daugelio pavojingų ligų plitimui. Rudenį reikia surinkti visas sirgusių augalų liekanas, nes jose įsitaiso žiemoti įvairūs ligų sukėlėjai. Sergančių augalų ir jų liekanų negalima krauti į greitai naudojamas kompostų krūvas, nes kai kurių parazitinių grybų sporos gali išsilaikyti komposte kelerius metus. Išnašus iš gėlyno sergančius augalus geriausia sudeginti arba užkasti giliai į žeme, prieš tai užpylus ant jų dezinfekuojančių medžiagų — chlorkalkių, DNOK arba kurio kito stiprios koncentracijos fungicido.
Gėles laistyti ir purkšti reikia tik visai švariu vandeniu. Vandens rezervuarai šiam reikalui negali turėti kontakto su dirva ir augalais. Tame vandenyje negalima plauti įrankių, inventoriaus, plautis rankų. Augalus, kurie yra jautrūs šaltam vandeniui, reikia laistyti šildytu arba ilgesnį laiką šiltnamyje laikytu vandeniu. Esant reikalui, vandens dezinfekcijai galima naudoti chinozolj (5–10 g 10 I vandens).
Drėgmės reguliavimas šiltnamiuose ir inspektuose taip pat yra viena iš profilaktinių priemonių kovai su gėlių ligomis. Per drėgnas oras ar dirva sudaro palankias sąlygas plisti daugeliui grybinių ligų, o per sausas oras labai tinka veistis įvairiems kenkėjams.
Ne mažiau svarbu augalams reikiama temperatūra šiltnamiuose žiemą, pavasarį ir rudenį. Ypač svarbu, kai žemesnė temperatūra, saikingiau laistyti, nes žema temperatūra ir didelė dirvos drėgmė palanki pašaknio ir apatinės stiebo dalies bakteriniams ir grybiniams puviniams.
Svarbią vietą, kovojant su gėlių ligomis, užima piktžolių naikinimas. Piktžolės ne lik užstoja augalams šviesą, atima dalį maisto medžiagų, bet taip pat užkrečia juos įvairiomis ligomis, be to, jos teršia aplinką.
Labai svarbi, tačiau iki šiolei mūsų gėlininkų mažai praktikuojama profilaktinė kovos su gėlių ligomis priemonė — ligoms atsparių veislių auginimas. Specialaus gėlių veislių tyrimo punkto respublikoje ligi šiolei nėra, kvalifikuotų gėlininkų stebėjimo duomenų šiuo klausimu paskelbta labai mažai, todėl sunku duoti konkrečių patarimų apie atsparias ligoms gėlių veisles mūsų sąlygomis. Prof. A. Minkevičiaus stebėjimų duomenimis, rožių veislės ‘Gruss an Aachen’ , ‘Kirsten Poul-sen’ , ‘Hugh Dickson’ , ‘Hermosa’ yra atsparios miltligei, o ‘Crimson Rambler’ ‘Mrs Cutbusch’ , ‘Eva Teschendorf’ , ‘Rodhitte’ ir Georg Dickson’ — atsparios rūdims. Užsienio literatūroje nurodoma, kad fuzariniam vytuliui raudonžiedžiai ratiliai yra atsparesni, negu baltai ir ružavai žydintieji, miltligei atsparesnės šios chrizantemų veislės: ‘Carmen’ , ‘Daphne’ , ‘Elbe’ , ‘La France’ , ‘King Goorg’. Kekeriniu puviniu mažiau serga kai kurios bijūnų veislės: ‘Argus’ , ‘Atraction’ , ‘Avelanche’ , ‘Baroness’ , ‘Schroeder’, ‘Cavaleria rusticana’ , ‘Gretchen’ ir kt.
Būtų galima ir daugiau išvardinti gėlių veislių, kurios literatūroje nurodomos kaip atsparios ligoms, tačiau mūsų sąlygomis tos pačios veislės kai kurioms ligoms gali būti visai neatsparios. Čia mūsų gėlininkams ir iškyla uždavinys patiems atlikti stebėjimus ir stebėjimų duomenis paskelbti spaudoje. Tai būtų didelis respublikos gėlininkystės laimėjimas.
Didelį vaidmenį gėlininkystėje vaidina sėkla ir sodinamoji medžiaga. Sėkla turi būti švari, daigi ir sveika, neapsikrėtusi ligų sukėlėjais ir kenkėjais. Auginimui reikia imti tik sveikų augalų sėklą ir sodinamąją medžiagą. Ypač kruopščiai sodinimui atrinkti svogūninių ir gumbasvogūninių augalų svogūnus ir gumbasvogūnius, kuriuose dažnai slepiasi ir žiemoja įvairūs ligų sukėlėjai.
Ligų sukėlėjais apsikrėtusią sėklą arba sodinamąją medžiagą reikia dezinfekuoti. Dezinfekuoti galima cheminiu arba šiluminiu būdais. Šiluminis sėklos dezinfekavimas daugiausia taikomas nuo bakterinių Iigų. Šiam reikalui sėklos laikomos 10 minučių 50–55° temperatūroje.